Entlang der Wupper gibt es zwei FFH-Gebiete:
Zwischen Hückeswagen und Marienheide liegt das Gebiet „Wipper und Wupper bei Wipperfürth“. Seine Besonderheit ist der Lebensraum Aue. Der Oberlauf der Wupper und ihre Quellbäche zeigen das Bild einer typischen Auenlandschaft des Mittelgebirges. In bzw. an der Wupper selbst kommen geschützte Tiere wie die Groppe, der Eisvogel und die Wasseramsel vor.
Bei Radevormwald und weiter wupperabwärts liegt das Gebiet „Wupper östlich Wuppertal“. Auch wenn sich die Wupper an vielen Stellen entlang von Ortschaften und Industrieflächen windet, finden sich an den meist steilen Hängen noch naturnahe Buchenwälder.